Instalación
La versión usada en este documento es la 7.2.2 y puedes encontrarla en http://www.swi-prolog.org/download/stable o http://hernandezblasantonio.nsupdate.info/pub/software/swi-prolog/.
Inicia el instalador de SWI-Prolog y da click sobre el botón I agree para aceptar su licencia y continuar:

El tipo de instalación por default es Typical y solo darás click sobre el botón next>:

Se te preguntará en donde instalar a SWI-Prolog, selecciona
C:\plf\prolog\swipl:
Ante las siguientes dos ventanas primero darás click en el botón Install y finalmente finished para terminar la instalación de SWI-Prolog:

Lo siguiente consiste en agregar el directorio C:\plf\prolog\swipl\bin a la variable de entorno PATH:

Puedes verificar la correcta instalación de SWI-Prolog ejecutando swipl --version en la línea de comandos:

Eclipse
Partiendo de lo visto en la instalación de Eclipse para la programación con Clojure,
se instalará otra instancia del IDE Eclipse en el directorio C:\plf\prolog\eclipse:

Al iniciar al IDE Eclipse, mediante el ejecutable C:\plf\prolog\eclipse\eclipse.exe, se te solicitará indicar el Workspace.
Se hará uso de C:\plf\prolog\proyectos como Workspace, selecciona Use this as the default and do not ask again
y da click sobre el botón OK:


Agrega el URL para la instalación de The Prolog Development Tool accediendo a Help > Install new software y en la ventana Available Software Sites da click sobre el botón Add...
En el campo Name escribes Prolog Development Tool, en el campo Location el URL http://sewiki.iai.uni-bonn.de/public-downloads/update-site-pdt y da click sobre el botón OK:

Selecciona Prolog Development Tool y da click sobre el botón Next:

Selecciona I accept the terms of the license agreements y da click sobre el botón Finish:

Este proceso tardará unos cuantos minutos ya que descargará e integrará Prolog Development Tool a Eclipse:

Se te advertirá que instalarás software no-firmado, da click sobre OK para continuar:

Al terminar se te pedirá reiniciar a Eclipse, da click sobre el botón Yes:

Una vez que Eclipse haya reiniciado tendrás instalado el plugin Prolog Development Tool.
Accede a Window > Perspective > Open Perspective > Other..., de la ventana Open Perspective selecciona Prolog y da click al botón OK:

Si se te presenta la siguiente ventana, selecciona Redes privadas (Private networks) y da click sobre Permitir acceso (Allow access):

Al finalizar te encontrarás ante la perspectiva de Prolog en Eclipse:

Si todo ha salido bien, puedes continuar con la configuración.